Konfederasyon Genel Thomas “Stonewall” Jackson, Harpers Ferry, Virginia (bugün Batı Virjinya) 'yı ele geçirdi ve General Robert E. Lee’nin ordusu Maryland’e doğru hareket ederken bazı 12.000 Birlik askeri.
Harpers Ferry içindeki Federal garnizon, Lee’nin Eylül ayında Maryland’i işgalinden sonra Konfederasyon saldırısına maruz kaldı. Potomac Nehri üzerindeki stratejik şehir, Birlik ordusunun geri kalanından kesildi. Potomac Ordusu'nun komutanı General George B. McClellan, kasabayı her ne pahasına olursa olsun, Harpers Ferry garnizonunun komutanı General General Dixon Miles'a gönderdi. McClellan yardım sözü verdi, ancak Konfederasyon ordusunun geri kalanıyla ilgilenmek zorunda kaldı.
Jackson, topçularını yere yuvarladı ve 14 Eylül'de kasabayı bombalamaya başladı. Yankees mühimmatında yetersiz kaldı ve Miles, 15 Eylül sabahı teslim olmayı kabul etmeden önce çok az direnç gösterdi. Miles'ın yardımcısı General Julius White, Jackson, teslim şartlarını görüşmek üzere bir Konfederasyon topunu ateş etmeye devam etti. Harpers Ferry'a yapılan son atışta Miles ölümcül yaralandı.
Yankees, Harpers Ferry'da 73 topçu, 13.000 tüfek ve 12.000 kadar adam teslim etti. Savaşın en büyük tek sendika teslimiydi.
Harpers Ferry'un yıkılması, Lee'yi planlarını değiştirmeye ikna etti. Lee, 14 Eylül’deki Maryland’deki Harpers Ferry’in kuzeydoğusundaki South Mountain Muharebesi’nde ağır kayıplar yaşadıktan sonra, dağınık birliklerini toplama ve Virginia’ya geri dönme niyetindeydi. Şimdi, Harpers Ferry güvenli olduğunda Jackson'ı, Sharpsburg, Maryland çevresindeki gücünün geri kalanına katılmak için çağırdı. İki gün sonra, 17 Eylül'de Lee ve McClellan, Antietam Savaşı ile savaştı.
